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在全球氣候變化的大形勢下，發展低排放、低污染、低能耗的低碳農業逐漸成為人類減緩溫室氣體排放的重要途徑。有機農業是低碳農業的一大模式之一，它嚴格遵守有機農業的生產標準，不使用基因工程獲得的生物及其產物，強調通過生態學原理和自然規律來調節動植物與土壤之間的平衡。
有機農業與低碳發展之間的底層邏輯正是在于它的減排與增匯效應。
有機農業的減排效應
農田中的溫室氣體主要包括:CO2、CH4和N2O。有機農業的原則之一是減少不可再生資源的使用。農業CO2源主要來自于化石燃料的燃燒引起的直接排放和能源間接消耗的排放。僅化學氮肥的合成所排放的CO2就高達0.4—0.6 Gt，相當于農業直接排放的10%。而有機農業禁止使用化學合成肥料和農藥，這比常規農業明顯要減少能源的消耗。
據報道顯示，冬小麥的有機種植比常規生產要少46%—57%的CO2排放量，而種植有機土豆則會減少13%—33%的CO2排放量。此外，有機農業推崇資源循環利用，僅最基本的秸稈還田一項，就可為減少CO2的排放，作出巨大貢獻。
農業CH4排放源主要來自牲畜排泄物、水稻種植以及廢棄物的分解。因此，動物糞便的處理和飼料種類的選取均會影響到農業CH4的排放。有機農業中，堆肥與廄肥通常在通風的地方進行有氧處理，相比常規在厭氧環境下處理，更能減少CH4的排放。
農業N2O的排放源主要還是來自于氮肥的施用。我國化學氮肥的利用率較低，若單純的提高化學氮肥的施加量，會造成土壤N2O的釋放量增加。而有機農業投入的是能被土壤高效利用的有機肥或生物肥，在提高土壤生物活性的同時，減少溫室氣體的排放。另外，有機農業提倡的免耕、輪作，也是有效減少N2O排放的途徑。
有機農業的增匯效應
要想減少農業溫室氣體的排放，最為重要的還是提高農田土壤的固碳能力，增加土壤碳匯。有機種植與常規種植最明顯的區別就在于土壤有機質的增加。原因在于，有機種植體系，投入的動植物殘體較為豐富，增加了碳源；同時，有機管理模式又能有效減少碳分解途徑。在這樣一個“高投入、低分解”的模式下，保證了一個相對穩定的有機碳庫。
英國土壤專家 Pimentel 等人經過長達22年的試驗結果表明，有機種植方式使土壤有機碳含量提高 15%—28%，而常規種植方式僅提高9%；瑞士專家經過21年的試驗表明，有機管理系統中土壤的碳含量更穩定，而常規管理系統中的碳含量減少幅度甚至能達到15%；美國中部35組有機與常規耕作的比較樣本研究也同樣證明了，有機管理措施下的土壤有機碳含量明顯高于常規耕作。
有此可以看出，有機農業模式是低碳經濟發展中的重要一環。那么我們應該大力發展甚至是普及有機農業嗎？問題遠沒有想象得那樣簡單。
有機農業的發展程度是不容易推進的，其原因在于較高的生產成本與監管制度成本，這方面的解釋可以從國際與國內的有機農業發展歷史比較來看。
歐美等發達國家的有機農業發展經歷了幾十年的民間醞釀，生產經營者是從生態環保、動物福利、農業可持續角度出發，自民間發起，由有機農業生產方式帶來有機產品，進而發展到有機產品認證、監管。可以說，發達國家和地區有機農業的發展立足于有機理念和人與自然和諧相處的情懷。以此為動力形成了嚴格的監管政策與市場體系。
而中國不太一樣，中國最初是受有機產品市場的影響，出于有機農產品高額溢價的刺激來推動構建有機產業，從而產生了對有機農業的需求。可見，中國發展有機農業的動因是有機產品的驅動，因而受利益最大化等市場因素影響大。相比歐美等發達國家，中國的有機農業發展起步較晚，無論是在生產技術環節、還是制度認證與監管的嚴格性、以及銷售環節的信任度上，都與國際標準存在較大的反差。這將從兩個方面影響到有機農業生產模式的發展。
一方面，由于有機種植與養殖過程需要嚴格的規則把控，這會極大的提高人力成本與額外的投入成本，例如有機生產認證費用等。成本的增加會抑制有機生產的規模。另一方面，雖然有機農產品有屬于自己的市場，生產者可以將增加的成本進行轉嫁，但是由于中國的有機農業制度缺陷以及銷售環節的信任度問題，生產者收益的增幅并不能覆蓋掉有機生產增加的成本，有機生產規模擴張發展的收益與積極性并不高。
因此只有逐步完善有機農業的監管與認證制度，提高有機農產品質量與市場的影響力，有機農業這一生產模式才能得到正向的激勵與發展。
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